冯要过问全国大事，坚决不做有名无实像个泥塑的大总统。段在这一方面总算让了步，自民国六年十月八日起，每天派一位官员向总统报告政情。

可是，总统总理之争，不是表面的，或是一件事情上让一点步就可以和缓。

在用兵方面，段的主张是武统南方，而冯和陆荣廷唐继尧有交流，希望和南方和解。

在对四川用兵时，是平定四川内乱，从表面看是不得已而为之，两个人没产生太大的分歧。但是对湖南用兵不一样，于是，两个人的矛盾和冲突公开化了。

段派傅良佐督湘后，湖南旅京士绅要求政.府勿在湖南用兵，他们向冯请愿，冯叫他们去问内阁。这就是明明告诉请愿的人说：是段祺瑞要向湖南用兵，与我冯国璋无关。

刘建藩林修梅在湖南宣布自主，内阁决定下讨伐令，冯认为这是小题大作，应该大事化小，所以冯便不肯在讨伐令上面盖印。

当湖南战事发生后，北京政.府的讨伐令仍没有颁布。有人把当时的情势如此形容：“段内阁对外（指对德奥）宣而不战，对内战而不宣。”

冯段两人的暗斗，就是北洋派直系和皖系的斗争。这两系在军事上各有力量，各有地盘，可是他们也各有弱点。直系占有长江三省地盘，然而湖北江西和江苏不相联结，并且因为地形分散而力量不集中，尤其是江苏更是处于皖系势力的三面包围中。至于冯国璋自己身居北京，也是在皖系势力范围内。

不过，皖系军人纸上谈兵的多，肯打硬仗的少，而且在用兵西南时，必须越过长江，要经过直系的地盘。直系地区虽然分散，却是皖系用兵西南必经的通道，所以段在征南军事上必须要取得冯的支持。

需要合作了，冯手里有了筹码，也就可以互相牵制了，于是，冲突也上台阶。

段的武力统一，军事征南都是要花大钱的，钱从何处来呢？只有借款一途。

当时因为欧战激烈，英法无力借款，日本遂乘机而入。段祺瑞这时亦想借日本的支持达到他征南和统一的梦想，因此他重用曹汝霖，请他兼摄财政总长。曹是着名的亲日派，段后来为国人攻击卖国，和重用曹有很大关系。

日本为了对中国贷款，以朝鲜台湾兴业三银行合组一特殊银行团，由日人西原龟三经手，这便是后来有名的“西原借款”。

“西原借款”的背景是：日本大隈内阁曾以强硬态度向袁世凯提出《二十一条》，企图一举鲸吞中国，遭到中国人民的强烈反对。继任内阁首相寺内正毅鉴于前任之失败，乃以大量借款代替强硬交涉，既可缓和中国人民的激忿不满，又收加紧控制掠夺中国之效。

日本的经济状况，因欧战关系增加了商品输出，有了过剩的资本，为向中国输出资本提供了可能条件。

因此，日本便采取了所谓“菊分根”政策，即像菊花分根移植一样，将资本输入中国，大量借款给段祺瑞政.府，以获得掠夺中国种种特权，企图变中国为其独占的殖民地。

为了向中国输出资本，才有日本的兴业朝鲜台湾三家银行在政.府的支持下组成特殊银行团，专事对华投资。

一九一七年八月，段祺瑞政.府也成立了中日合办的中华汇业银行，作为借款的经手机关。

日本三家银行所组成的特殊银行团，只是名义上的承借银行，实际上，所借款项均由日本政.府从国库预备金中支出。

同时，所借款项不以日本政.府名义出面，而是由以寺内正毅私人代表身份的西原龟三出面联络。对华借款由特殊银行团承借并由西原龟三出面，这是日本政.府煞费苦心的特殊安排，以避免其他帝国主义的注意和干涉，实现其单独对华借款的野心。

为取得这笔款项，段祺瑞把东北的修筑铁路砍伐森林和采矿等一系列中国主权出卖给日本，为日本后来全面侵占东北埋下隐患。